Средняя школа в селе Валя Пержей была открыта в 1953 году, а в 1956 году состоялся первый выпуск учащихся Валя Пержской средней школы. Первым учителем с высшим образованием из числа жителей села был Добрев Дмитрий Федорович.

11 января 1974 года было сдано в эксплуатацию трехэтажное здание, рассчитанное на 960 ученических мест. Директором этой школы был Аврамов Василий Иванович, который по сей день продолжает трудиться в учебном заведении.

За период существования средней школы было выпущено более тысячи юношей и девушек. Среди них — инженеры, врачи, агрономы, журналисты, педагоги, писатели.

Лицей просуществовал до 1997 года. В этом году состоялся первый выпуск лицеистов двух профилей — гуманитарного и реального.

Официальный статус Теоретический лицей имени Христо Ботева получил постановлением Правительства Республики Молдова №729 от 24 июля 2000 года.