Școala medie din satul Valea Perjei a fost deschisă în anul 1953, iar în anul 1956 a avut loc prima promoție de absolvenți ai școlii medii din Valea Perjei. Primul profesor cu studii superioare dintre locuitorii satului a fost Dobrev Dmitri Feodorovici.

La 11 ianuarie 1974 a fost dată în exploatare o clădire cu trei etaje, destinată pentru 960 de elevi. Directorul acestei școli a fost Avramov Vasilii Ivanovici, care până în prezent continuă să lucreze în instituția de învățământ.

Pe parcursul existenței școlii medii, au absolvit peste o mie de tineri și tinere. Printre aceștia se numără ingineri, medici, agronomi, jurnaliști, pedagogi, scriitori.

Liceul a funcționat până în anul 1997. În acel an a avut loc prima promoție de liceeni din două profile — umanist și real.

Liceul Teoretic „Hristo Botev” a obținut statutul oficial de instituție de învățământ prin Hotărârea Guvernului Republicii Moldova nr. 729 din 24 iulie 2000.